ההבדלים בין שני סוגי החיתוך, ניכרים בעיקר באופן שבו נוצרת קרן הלייזר.

בחיתוך CO2, קרן הלייזר נוצרת כתוצאה מתערובות שונות של גזים יחד עם הספק חשמלי גבוה מאוד. השימוש בגזים הוא יתרונה של מכונת לייזר CO2 שכן מתבצע חיתוך נקי, אשר אינו מייצר אבק או שבבים ואינו מותיר "גראדים".

אורך הגל, בקרן הלייזר, הינו קצר, ולכן הדבר מבטיח מיקוד טוב יותר ומאפשר עובי קרן קטן (כ-0.2 מ"מ). כמובן שעובי הקרן הולך וגדל ככל שעובי החומר עולה. החשמל נע בשפורפרות ומייצר אור כאשר בקצותיהן מראות. האור המרוכז עובר בשפורפרות הגז עד לעדשה, המפקסת את הקרן ישירות על החומר.

מכונות CO2 יכולות לחתוך מגוון רחב יותר של חומרים, קיימת יכולת גבוהה של חיתוך וצריבה ואורך חיי המכונות הללו, גדול יותר.

בחיתוך פייבר, מדובר בעצם בסיבים אופטיים אשר יוצרים את קרן האור והחיתוך מתבצע באויר בעוביים הדקים. אמנם מכונת לייזר מסוג פייבר יתרונה בעובי החומרים אותם היא מסוגלת לחתוך, אך חסרונה באיכות החיתוך. היות והחיתוך מתבצע באויר, ככל שעובי החומר עולה, איכות החיתוך תרד ויוותר "זקנקן" שילך ויתקשה ויהיה צורך בעיבוד וליטוש.

חיתוך בפייבר חסכוני יותר, שכן נחסך כוח חשמל, בנוסף, לא נעשה שימוש במראות ובחלקים מתכלים. יחד עם זאת, חיתוך אלומיניום, פליז, נחושת וכו', אינם מומלצים לאורך זמן, בשל הנזק שיוצר החזר האור לסיבים האופטיים. כמו כן, המכונה יקרה הרבה יותר.